1.งานบริหารทั่วไป
                 มีหน้าที่ความรับผิดชอบงานสารบรรณ งานบริหารบุคคล งานการเงินการบัญชี การจัดทำงบประมาณ การพัสดุ งานพิมพ์ และงานธุรการทั่วไปของสำนักงาน ควบคุมดูแลความเป็นระเบียบเรียบร้อย อุปกรณ์เครื่องใช้ของสำนักงาน
2. ฝ่ายวิชาการขนส่ง
                 มีหน้าที่ความรับผิดชอบในการสำรวจรวบรวมสถิติและวิเคราะห์ข้อมูลการขนส่ง เพื่อวางแผนและจัดระบบการขนส่งภายในจังหวัด กำหนด ปรับปรุงยกเลิกเส้นทางการเดินรถ และเงื่อนไขเกี่ยวกับการประกอบการขนส่งประจำทาง รถขนาดเล็กการดำเนินการด้านใบอนุญาตประกอบการขนส่งทุกประเภท การวางแผนและการตรวจตราปราบปรามผู้กระทำผิดกฎหมายว่าด้วยการขนส่งทางบก การแก้ไขปัญหาข้อโต้แย้งในระบบการขนส่ง การดำเนินงานด้านส่งเสริมสวัสดิภาพการขนส่ง การประชาสัมพันธ์ ควบคุมระบบคอมพิวเตอร์ของสำนักงานขนส่งจังหวัดนครปฐม และการให้คำปรึกษาเกี่ยวกับงานด้านกฎหมาย ระเบียบข้อบังคับต่างๆ ในการปฏิบัติงานแก่เจ้าหน้าที่
3. ฝ่ายทะเบียนรถ
                มีหน้าที่รับผิดชอบในการดำเนินการด้านทะเบียน ภาษี และค่าธรรมเนียมทางด้านทะเบียนรถ การตรวจสภาพรถตามกฎหมายว่าด้วยการขนส่งทางบก กฎหมายว่าด้วยรถยนต์และล้อเลื่อน ได้แก่ การจดทะเบียนรถใหม่ การรับชำระภาษีประจำปี การโอนกรรมสิทธิ์รถ การย้ายรถ การแก้ไขเปลี่ยนแปลงรายการทางทะเบียนรถ และอื่นๆ
4. ฝ่ายใบอนุญาตขับรถ
                มีหน้าที่รับผิดชอบในการดำเนินการด้านใบอนุญาตผู้ประจำรถ ใบอนุญาตขับขี่รถยนต์ และใบอนุญาตขับขี่ล้อเลื่อน ตามกฎหมายว่าด้วยการขนส่งทางบก กฎหมายว่าด้วยรถยนต์และล้อเลื่อน ได้แก่ การออกใบอนุญาตใหม่ การต่ออายุใบอนุญาต การยกเลิกหรือเพิกถอนใบอนุญาตขับรถ และอื่นๆ
5. สำนักงานขนส่งจังหวัดสาขา
                มีหน้าที่รับผิดชอบในงานด้านประกอบการการขนส่งส่วนบุคคล การตรวจปราบปรามผู้กระทำความผิดกฎหมายว่าด้วยการขนส่งทางบก การดำเนินการด้านทะเบียน ภาษี และค่าธรรมเนียมทางด้านทะเบียนรถ การตรวจสภาพรถตามกฎหมายว่าด้วยการขนส่งทางบก กฎหมายว่าด้วยรถยนต์และล้อเลื่อน ได้แก่ การรับชำระภาษีประจำปี การโอนกรรมสิทธิ์รถ การย้ายรถ การแก้ไขเปลี่ยนแปลงรายการทางทะเบียนรถ และอื่นๆ การดำเนินการด้านใบอนุญาตผู้ประจำรถ ใบอนุญาตขับขี่รถยนต์ และใบอนุญาตขับขี่ล้อเลื่อน ตามกฎหมายว่าด้วยการขนส่งทางบก กฎหมายว่าด้วยรถยนต์และล้อเลื่อน ได้แก่ การออกใบอนุญาตใหม่ การต่ออายุใบอนุญาต การยกเลิกหรือเพิกถอนใบอนุญาตขับรถ และอื่นๆ ภายในเขตพื้นที่รับผิดชอบของแต่ละสาขา
6. สถานีขนส่งผู้โดยสารจังหวัดนครปฐม
                มีหน้าที่ในการควบคุม ดูแล ตรวจตรา ปราบปราม จัดเก็บเงินค่าบริการ รายได้ของสถานี และจัดระเบียบการใช้สถานีขนส่งผู้โดยสารจังหวัดนครปฐม ให้เป็นไปตามกฎหมายว่าด้วยการขนส่งทางบก เพื่ออำนวยความสะดวก ความปลอดภัย ให้แก่ผู้ใช้บริการสถานีขนส่งผู้โดยสาร ผู้ประกอบการขนส่ง และผู้ประจำรถ